中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构。现有在职职工618人，其中正高级人员104人，研究生导师190人。拥有中国工程院院士2人，“万人计划”入选者6人，国家百千万人才工程人选5人，创新人才推进计划中青年科技创新领军人才7人;973计划或国家重点研发任务项目首席科学家7人;国家杰出青年科学基金获得者10;中科院特聘研究员16人，国家基金重大项目1个、创新群体1个，中科院A类先导专项1个、王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队”1个、科技创新“交叉与合作团队”1个。拥有海洋科学、环境科学与工程一级博士学位授予点，海洋科学一级博士后流动站。
重点研究热带边缘海海洋水圈-地圈-生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。以生态安全与绿色发展、海-陆-气相互作用与环境安全、边缘海与大洋板块相互作用和岛礁工程环境保障为战略主题，聚焦生态文明和国防安全建设工程，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术，力争建成国际水平的热带海洋科学研究、人才培养、成果转移转化三高地，从而为发展我国海洋经济和维护海洋权益做出基础性、战略性和前瞻性贡献。
重点学科领域：热带海洋环境动力与生态过程、边缘海地质演化与油气资源、热带海洋生物资源可持续利用与生态保护和海洋环境观测体系及其关键技术。
设有热带海洋环境国家重点实验室、中国科学院边缘海与大洋地质重点实验室(与广州地化所共建)、中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室、中国科学院海洋微生物研究中心、中科院南海岛礁综合性研究中心、中国科学院中国-斯里兰卡联合科教中心(海外基地)以及广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、广东省海洋遥感重点实验室、海南省热带海洋生物技术重点实验室与海洋环境工程中心等。拥有大亚湾海洋生物综合实验站(国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站)、海南热带海洋生物实验站(国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站)、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站、西沙深海海洋环境观测研究站和南沙深海海洋环境观测研究站。有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号3艘大型海洋科学考察船和可长期并靠三艘船、长度为115米的淡水码头，正在建造国家发改委批复“十三五”项目“实验”号新型地球物理综合科学考察船。还拥有仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心。目前，南海海洋所牵头，联合广州能源所和华南植物园等24家研究所筹建中科院南海生态环境工程创新研究院;联合自然资源部广州海洋地质调查局等50家单位筹建南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)。
近60年来，南海海洋所共取得科研成果近800项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖260项，相关科技创新团队荣获中共中央授予的“模范集体”称号(2018年);代表性成果有“热带海洋微生物新型生物酶高效转化软体动物功能肽的关键技术”、“热带海洋生物活性物质的利用技术”、“南海与邻近热带区域的海洋联系及动力机制”和“南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究”等。目前主持、承担中国科学院先导专项A、国家重点研发计划项目、国家科技基础资源调查专项、国家基金项目等300余项。与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，重点发展与欧、美、日、澳等海洋科学发达国家的合作与交流，同时加强与“一带一路”、丝绸之路沿线国家的交流与合作，并在斯里兰卡与斯方共建中国科学院中国斯里兰卡联合科教中心。
南海海洋所是中科院及全国海洋科研机构首家获得ISO9001质量体系认证的科研单位，拥有“工程勘察证书(海洋工程勘察综合类甲级)”、“建设项目环境影响评价资质证书(乙级)”、“海域使用论证资质证书(甲级)”、“测绘资质证书(乙级)”、“检验检测机构资质认定证书(包括检验检测机构计量认证)”等。每年承担技术服务、技术咨询或院地合作项目100余项。是中国海洋学会海洋物理分会、广东海洋湖沼学会、广东海洋学会等的依托单位。编辑出版《热带海洋学报》(核心期刊)。曾获广东省“文明单位”和广州市“文明单位”。
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