中国科学院大学南京土壤研究所开设有7个专业，资源与环境、生物与医药、资源利用与植物保护、地图学与地理信息系统、生态学、环境科学、环境工程等。以下是中国科学院大学南京土壤研究所的专业目录，参考书目，复试分数线等信息。
中国科学院大学南京土壤研究所研究生招生目录及参考书目
| 专业信息 | 研究方向 | 考试科目 | 招生人数 |
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资源与环境[085700] |
(01)土壤污染模拟与控制工程(02)农业面源与水环境控制工程(03)固体废物资源化与清洁生产(04)土壤环境监测与风险管理 |
①(101)思想政治理论 |
3 |
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生物与医药[086000] |
(01)微生物生态工程 |
①(101)思想政治理论 |
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资源利用与植物保护[095132] |
(01)土壤障碍因子消减技术与中低产田治理(02)水分养分精准管理技术与示范推广(03)新型肥料创制技术与新产品推广(04)农村生态环境建设技术与示范推广(05)农业资源信息技术应用 |
①(101)思想政治理论 |
5 |
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地图学与地理信息系统[070503] |
(01)资源环境与信息技术(02)地理信息系统与土地管理(03)数字土壤制图 |
①(101)思想政治理论 |
1 |
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生态学[071300] |
(01)生态系统养分循环与调控(02)生态系统保护(03)生物多样性与生态功能(04)污染生态与环境工程 |
①(101)思想政治理论 |
2 |
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环境科学[077601] |
(01)环境化学与污染控制(02)环境生物学(03)环境生物地球化学(04)土壤环境与全球变化(05)环境污染过程与风险控制(06)农业资源利用与环境效应(07)面源污染控制 |
①(101)思想政治理论 |
5 |
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环境工程[077602] |
(01)污染土壤修复工程技术(02)农业面源污染工程控制技术(03)固体废物资源化与与清洁生产 |
①(101)思想政治理论 |
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