早在1955年，当时北京医院副院长计苏华同志鉴于当时国际老年医学的兴起，考虑到北京医院医疗保健任务的需要，提出临床要和实验室结合起来，开展老年病的科研工作，于是先后成立了糖尿病研究组、高血压病研究组、动脉粥样硬化研究组。后因“文化大革命”而中断了老年病的研究。1978年党的十一届三中全会迎来了科学的春天，为了开展我国老年医学研究工作，北京医院老年医学研究组于1979年9月22日成立，当时着手四个方面的工作：研究动脉粥样硬化成因、测定老年人生理正常值、研究老年骨质疏松及前列腺肥大的防治。1980年2月9日经卫生部批准在原老年医学研究组的基础上发展为老年医学研究室，主要开展了有关老年人生理及病理变化的实验研究。分析总结了老年病的诊断治疗及预防保健。1981年北京医院向卫生部提呈报告“申请批准老年医学研究所建所”，经卫生部批准，1982年8月北京医院老年医学研究所正式成立，开始对影响衰老的环境、遗传、社会、生活方式和疾病等因素进行分析，探寻推迟衰老过程的措施，并与国内20多个单位协作开展胰岛移植治疗胰岛素依赖型糖尿病的实验和临床研究。由于北京医院当时是唯一直属卫生部的医院，承担着国内外高级干部和外宾的医疗保健任务，无论在医疗保健或老年医学研究都有较高的要求。为了适应国内外老年医学发展的需求，1984年12月11日北京医院向卫生部请示报呈将“北京医院老年医学研究所”改为“卫生部老年医学研究所”，卫生部随即报请国家科委，1985年3月国家科委发文批复，同意将北京医院老年医学研究所改为卫生部北京老年医学研究所，为国家一级所，所属卫生部。
卫生部北京老年医学研究所的研究方向是以老年医学为重点，开展老年常见疾病的发病机制、诊断与防治研究以及延缓衰老过程的研究。研究的指导方针是：（1）基础研究与临床研究相结合；（2）理论研究与应用研究相结合；（3）科研与开发相结合。以应用基础研究与应用研究为主，重视基础研究，加强开发研究，建设一个高水平、有特色的老年医学研究所。卫生部北京老年医学研究所曾经承担和正在承担着国家973、863重大科技项目；“八五”、“九五”、“十五”攻关项目；国家自然科学基金课题；卫生部、人事部、教育部科研项目；北京市自然科学基金课题；首都医学发展科研基金课题以及WHO与国际老年学会基金课题。在老年医学尤其是心脑血管病和糖尿病防治研究等方面取得了较大的成就。十几年来获得国家科技进步二等奖与三等奖、卫生部科技进步二等奖与三等奖、北京市科技进步二等奖与三等奖、解放军科技进步二等奖与三等奖以及中华医学奖70多项。卫生部北京老年医学研究所经过十几年的充实、整顿、发展、提高，在老年医学基础研究和临床应用研究方面逐渐形成了自己的优势和特色，尤其在神经放射介入研究与治疗，呼吸系统的肺心病、哮喘、结节病的研究与抗生素的应用，神经内科脑血管病、脑认知、老年痴呆、帕金森病、重症肌无力方面的临床治疗与研究，老年口腔及口腔黏膜白斑的研究，持续温血灌注下心脏手术的研究，肩袖损伤的研究，老年前列腺病的研究，中国临床化学质量控制系统-临床化学实验室室间质量评价，脂蛋白代谢与动脉粥样硬化关系的研究、血脂标准化研究、糖尿病预警系统研究及糖尿病家族的基因特征研究等等，处于国内领先水平，部分达到国际先进水平。率先研究了我国老年人的脂蛋白谱特点，首先研究了载脂蛋白AI、CI、CII和抑癌基因Rb和P53通过保护血管内皮细胞免受损伤和抑制平滑肌细胞增殖等机制起到抗动脉粥样硬化发生发展的作用；研制的胆固醇纯品、胆固醇标准血清已成为国家技术监督局批准的国家一级标准物质，胆固醇酶法测定和载脂蛋白测定成为国家行业标准，研制的载脂蛋白系列试剂盒被列入卫生部十年百项推广应用成果，血脂标准化检测被美国CDC接纳为CDC胆固醇参考方法实验室网络成员；研究了糖尿病家族易感基因的特征，通过对30个以上易感基因进行了深入研究，获得了6个与中国人II型糖尿病有显著相关性的易感基因，并且通过在1号染色体的精细定位，已发现数个可能与中国人II型糖尿病相关的基因。
1987年卫生部北京老年医学研究所以挂靠中国协和医科大学的形式开始招收硕士研究生。1990年经国务院学位委员会第九次会议批准为老年医学硕士学位授予单位，1991年成立了卫生部北京老年医学研究所学位评定委员会。十几年来已招收硕士研究生123名，授予硕士学位68名。卫生部北京老年医学研究所已成为老年医学研究人才的培养基地。
