北京基因组研究所各导师从1999年开始培养博士研究生。2004年中国科学院正式批准建所后，即作为独立指定单位接收硕士、博士生。几年来先后毕业的硕士生1人，博士生有13人。在已毕业的研究生中大多数赴国外著名院校做博士后或继续深造。有多名研究生在《Science》、《Nature》、《Genome Research》等国际著名科学期刊上发表文章，这个比例在国内所有研究生培养单位中仅见。研究生在我所学习工作期间多有机会接触国际生物学界著名学者，接触生物学前沿课题，参与重大科研项目的研讨、论证及研究。根据国家有关规定并参考国外大学的管理模式，我所的研究生培养管理方式也比较有利于研究生整体素质的提高，对于学生毕业出国尽快进入状态，对于在国内从事研究工作尽快进入角色并承担项目都很有益。
北京基因组研究所招收的硕士生经中期考核合格后可直接转博。我所所以取得令人瞩目的成就，一个重要原因就是有学科综合和学科综合人才优势。现有研究队伍和研究生中具有医学、药学、生物学、数学、计算机科学等不同专业背景。欢迎有至于在基因组生物信息学领域从事研究工作并立志取得成绩的学子们报考我所。
2006年我所计划招收攻“遗传学”专业攻读硕士学位研究生50人。
2006年北京基因组研究所与中国科学院研究生院生物系联合招生。考生在报名时，“招生单位”应选择：“80001中国科学院研究生院”；院系选择“生物学”。详细招生方向和考试科目见中国科学院研究生院生物系招生专业目录。
