中国科学院生物物理研究所创建于1958年，是国家生命科学基础研究所。著名生物学家贝时璋院士任第一任所长，现任所长为饶子和院士。研究所拥有一支高水平的创新队伍，现有科技人员309人，包括中国科学院院士9人、第三世界科学院院士4人、现有在学研究生354名，在站博士后14名。
研究所的定位和发展目标是：瞄准21世纪生命科学基础性、前沿性重大理论问题，联系与人类健康相关的重大需求，发挥多学科交叉综合的优势，以蛋白质科学和脑与认知科学两大关键领域开展原创性研究，攀登生命科学的高峰；通过十年左右的努力，发展成为世界著名的高水平研究机构，并争取进入国际一流研究所的行列，成为国家蛋白质科学基础研究、高技术产业和高级人才培养的基地。
研究所设有“生物大分子国家重点实验”、“脑与认知科学国家重点实验室”，蛋白质科学研究平台。其中，蛋白质科学研究领域包括蛋白质三维结构与功能研究、生物膜与膜蛋白功能与结构研究、蛋白质功能与折叠原理研究、感染与免疫的分子基础、分子神经生物学、纳米生物学与微纳仿生、计算生物学与系统生物学和蛋白质药物与多肽药物等八个重点研究方向，研究所正在筹建蛋白质科学国家实验室；脑与认知科学研究领域包括复杂认知过程及其脑机制、视知觉和注意的基本表达、感知觉信息加工的脑机制和脑与认知功能障碍等四个重点研究方向。
研究所承担了973、科技攻关、863、自然科学基金和院知识创新工程等国家和中国科学院的重大科研任务，取得了令人瞩目的成就。在人工全合成牛胰岛素、酵母丙氨酸转移核糖核酸的人工全合成、蛋白质功能基团的修饰与其生物活性之间的定量关系、胰岛素三维结构与功能研究等生命科学重大前沿领域取得了世界领先水平的研究成果。近年来，在菠菜主要捕光复合物（LHC-II）晶体结构、SARS冠状病毒蛋白酶的晶体结构、果蝇的视觉模式识别具有视网膜位置不变性、果蝇面对竞争的视觉线索的抉择行为、拓扑性质初期知觉理论研究中取得重大突破，在Nature、Science等国际顶尖杂志上发表了一系列研究论文。研究所在获奖成果、高水平论文、授权专利以及成果产业化等方面一直位居全国生物学研究机构前列，科研实力和水平已经与一批国际本领域的著名研究所相当。
生物物理研究所聘请了诺贝尔奖化学奖获得者Huber教授和诺贝尔奖生理与医学奖获得者Neher教授等一批国际著名学者和在国际上取得杰出成就的华裔科学家担任学术顾问。
通过政府、院以及研究所的科技合作与交流协议，与国际著名研究机构、高等院校初步建立起了交流与合作网络，形成了稳定、互利和深入的合作与交流关系，在生命科学前沿领域开展着近十项重要的国际合作研究。
研究所本着“强强联合、优势互补”的原则，以共担国家重大科研项目、共建实验室、联合培养研究生等多种形式，与国内著名高校和研究机构开展了卓有成效的学术交流与合作，在创建国家科研基地、培养高水平人才和产出世界领先水平的研究成果等方面都取得了显著成效。
研究所有十余名科学家在国外研究机构和国际学术组织中任职。每年接待数十个国家和地区的近百名科学家和留学生来所学术访问、合作研究和作博士后研究。同时，有百余名科技人员到国外研究机构进行合作研究、讲学和参加国际学术会议。每年主办数次中型以上国际学术研讨会。
研究所地处京城北郊，东北与奥运村相接，西与清华、北大等著名高等学府紧邻，南望亚运村，是中国科学院北京生命科学园区的核心组成部分。研究所拥有静谧优美的园区，智能化的楼宇建筑，功能完善的基础设施，信息畅通的网络系统，大型、先进设备为核心的实验技术平台和多功能科技信息中心。
研究所拥有先进的公用、公享的蛋白质科学研究平台、认知脑成像平台、神经生理技术平台和分子细胞生物学平台。研究所拥有科研仪器装备4300余台件，总价值超过1亿元，包括拥有3特斯拉高场强功能核磁共振成像系统、600兆赫核磁共振波谱仪、200千伏低温透射电子显微镜、各种型号的流式细胞仪、微量分析型超速离心机、毫微秒荧光谱仪、“高分辨”、“高通量”大型质谱仪、X射线晶体衍射系统、原子力显微镜、停流谱仪、离子通道研究系统、离体脑片研究装置、多导微电极记录系统和激光扫描共聚焦显微镜等当代生命科学领域中的尖端仪器和设备。蛋白质科学研究平台初步建成高通量蛋白质表达纯化系统、蛋白质功能分析系统、蛋白质组学研究系统、结构基因组学研究系统和关键技术自主创新等5个核心组成部分。
生物物理研究所是国家首批批准的博士及硕士学位授予单位、博士后流动站建站单位和自行增列博士生导师单位。设有生物化学与分子生物学、生物物理学两个学科专业博士、硕士学位授予点。拥有一支实践经验丰富、学术造诣深厚的导师队伍，现有博士生导师78名。研究所已培养硕士研究生600余名，博士研究生近300名，出站博士后40多名。
长期以来，研究所的研究生培养工作，围绕着研究生培养质量总体上质量要达到国内一流水平,大部分学科专业要达到国际先进水平的目标，以培养质量为核心，坚持贯彻德智体全面发展的教育方针，注重研究生的政治思想和业务素质的全面提高以及创新意识、创新能力的培养。积极致力于营造完善的成才机制和浓厚的学术氛围。
2004年研究所博士研究生柳振峰和严汉池同学在导师常文瑞研究员的指导下在膜蛋白研究领域取得了重大成果，分别以第一和第二作者在世界上最具权威性的著名杂志NATURE上以“ARTICLE” 的形式发表研究论文：“菠菜主要捕光复合物（LHC-II）的晶体结构”(Crystal Structure of Spinach Major Light-harvesting Complex at 2.72Å Resolution)，该晶体的结构彩图也已被选作本期杂志的封面图案。
研究所一直是中国科学院博士生重点培养基地。近年培养的研究生，每届均有教育部“全国优秀博士论文”和中国科学院院长奖学金“特别奖”获得者。获得中国科学院各类冠名奖学金人数连年名列京区生物口首位。
研究所研究生毕业后绝大多数前往美国、英国等发达国家继续深造，部分就业于科研单位、重点高校及外企。毕业研究生遍布海内外，他们当中有的在国内相关学术领域成为学术带头人并担任了重要领导职务，有的已当选为中国科学院院士。
研究所研究生学术交流气氛浓厚，由所学生会，学生党支部定期举办的周末“学术沙龙”活动精彩纷呈，邀请了一批国内外知名学者就国际前沿热点问题做精彩的学术报告，同学们在轻松愉快的气氛中与学者们进行面对面地交流，增长了见识，开阔了视野。
研究所为研究生提供了良好优美的学习、工作、生活环境，有宽敞明亮的实验室和图书馆、有设施齐全的研究生公寓以及网球场、篮球场等健身场所。
研究所每年招收包括外国留学生在内的研究生近百名。作为科研工作的一支生力军，研究所将继续扩大免试推荐、硕博连读研究生的培养规模。
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