中国科学院生态环境研究中心始建于1975年，前身为中国科学院环境化学研究所。经国家科委和中国科学院批准，1986年与中国科学院生态学研究中心(筹)合并，改为现名。1996年5月，经中国科学院和国家环境保护总局协商决定，对生态环境研究中心实行中国科学院和国家环境保护总局双重领导。中心现有(2005年底)在职职工281人，其中科技人员238人，进入知识创新试点的148人，中国科学院院士1人、中国工程院院士2人，研究员44人、副研究员和高级工程师62人、中级研究人员99人。中心有环境科学与工程、生态学博士学位授予权，有环境科学、生态学、环境工程、有机化学、分析化学、人口、资源与环境经济学等6个学科专业的硕士学位授予权，设有环境科学与工程博士后流动站，为中国科学院博士生重点培养基地。现有在学博士生332人、硕士生142人，在站博士后研究人员20人。
中心主要研究领域包括环境化学、环境工程学和系统生态学。研究内容涉及环境化学、环境工程学、生态学、地学等学科。中心现设有7个研究室：环境化学与生态毒理学国家重点实验室、环境水质学国家重点实验室、城市与区域生态国家重点实验室、土壤环境科学研究室、水污染控制技术研究室、大气化学与大气污染控制技术研究室、环境生物技术研究室。组建有“土地利用与生态过程国家基金委创新研究群体”和“中国科学院持久性有毒化学污染物（PTS）青年科学家小组”。另设有文献信息中心和大型仪器实验室，该实验室拥有先进的高分辨气相色谱-高分辨质谱和高水平的样品处理净化间。与安捷伦科技有限公司合作共建的“亚太地区北京环境分析实验室”、美国戴安公司中国应用研究中心均设在生态环境研究中心。中心是农业部批准的农药登记残留试验认证单位之一。
环境化学与生态毒理学国家重点实验室立足环境化学的国际前沿，研究环境中化学污染物或新化学形态的分析方法，持久性有毒化学污染物质（PTS）在环境中的迁移变化过程及其生态毒理效应，阐明重要的环境化学过程与生物过程的机理，为持久性有毒化学污染物的控制提供科学依据。
环境水质学国家重点实验室主要研究领域包括：污染物质在环境中的复杂过程及其对生态系统的影响、污染控制技术及其集成，其研究方向是发展环境水质的现代科学与高新技术，兼顾天然水体和水处理工艺两方面的水质问题，深入研究天然水体和水处理中水质转化过程的基本规律，发展高新水处理技术和工艺基础，推进我国的环境水质科学发展，为水质资源的合理开发利用提供科学依据。
城市与区域生态国家重点实验室是以生态学、系统科学及计算机科学为基础，以人口、资源、环境问题的耦合关系为对象，开展自然科学与社会科学交叉的跨学科综合研究。理论上探讨社会-经济-自然复合生态系统的生态建设理论与方法，发展具有中国特色的人类系统生态学；应用方面探讨城市及人类密集地区的生态评价、生态规划、生态管理的系统方法、集成技术及实现城乡复合生态系统可持续发展的对策与决策支持手段。
中心主要研究领域包括环境化学、环境工程和系统生态与生态工程三大研究领域。研究内容涉及到环境化学、环境工程、生态学、地学等学科的互相渗透。可发挥综合性、多学科优势，研究地区性、全国性以及全球性的重大生态与环境问题。
中心在环境化学的若干分支领域的应用基础研究中作出了原始性的成果。在环境工程方面可以解决若干有重大影响的实际环境问题和拥有一批有竞争能力的环境保护高新技术。在系统生态学方面开创了非传统生态学的新理论和新方法学，并实现与高新技术的结合，争取在生态工程方面有所突破。中心在科技实践中形成了一支结构比较合理，富于开拓进取的科技队伍和管理队伍。承担了有关国家整体利益与长远利益的经济建设和社会发展中的某些重大任务，获得了国内外同行认可，得到了国家、中国科学院和国家环境保护总局的支持。
在环境污染化学、环境水化学和环境分析化学的应用基础研究方面具有相当的积累和明显的优势，已取得过多项科研成果。在典型化学污染物和生命必需元素在环境中的行为、水化学基础理论、大气臭氧耗损的化学反应过程、形态分析方法研究、分离富集技术发展、缩水内醚糖的合成和制备多糖、大骨节病因机理等方面取得了突破性进展。
在环境污染控制和废弃物资源化方面已有多项较为成熟的技术，获国家发明专利，具有推广应用的前景。如：膜技术、汽车尾气净化技术、造纸黑液资源化技术、柠檬酸菌种和后提取技术、生物农药等。在水处理技术方面，已具备多种高效、可组装的单元技术，如高效絮凝剂、饮用水净化技术、超滤膜等。
在系统生态学与可持续发展的理论与应用方面，在国际上有一定的影响。提出的社会-经济-自然复合生态系统理论和生态工程的概念，已为国际生态学界所接受。有关生态规划、生态环境预警研究、中国国情分析和地区差距研究等成果已为国家决策部门所接受，产生了较大的社会影响。
中心图书馆藏有中外文科技图书23 000多册、中外文期刊800多种，计9万余册，形成了较为完整的生态环境学科藏书体系。中心负责编辑出版《环境科学学报》、《Journal of Environmental Sciences 》、《生态学报》、《环境科学》、《环境化学》、《环境污染治理技术与设备》、联合国环境规划署出版物《产业与环境》和《臭氧行动》的中文版。其中，《Journal of Environmental Sciences》为SCI和EI收录刊物，《环境科学》为EI收录刊物。
国际科联环境问题委员会（SCOPE）中国委员会、中国生态学会、国际环境情报系统（INFOTERRA）中国联络点、中国－加拿大资源环境高技术中心挂靠在该中心。
