北京大学医学部（简称北医）位于学府林立的首都北京海淀区学院路，其前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府教育部依靠中国自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立学校。
1903年，清朝政府在京师大学堂设立医学实业馆，1904年，医学实业馆改称医学馆，迁入和平门外八角琉璃井由兴胜寺庙宇改建的馆舍，1907年停办。1910年，此馆舍被施医总局（当时的卫生部门）买去，为日后创立国立北京医学专门学校提供了条件。
1911年，辛亥革命一举推翻了清王朝，建立了中华民国，在当时向西方学习的风潮下，西医在中国的地位，有了明显的变化。1912年9月，中华民国教育部电召从日本留学归来正在筹建浙江省立医学专门学校的杭州人汤尔和到京，筹划创立医学校事宜。教育部以价银10，000两购买了已经停办的医学馆馆舍，划拨给国立北京医学专门学校使用，10月16日，中华民国教育部任命组织学教授汤尔和先生为北京医学专门学校校长，至此，中国第一所国立西医学校正式诞生。当时教职工9人，首批学生72人。
在此后的年代里，中国社会动荡不安，学校发展极尽艰辛。到了二十世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，曾并入北京大学。
1946年7月，北京大学在北平复员，胡适任校长。在抗日战争时期，艰难发展的当时为北平临时大学补习班第六分班连同附属医院一同并入北京大学，成为北京大学医学院。院长先后为解剖学教授马文昭先生、生理学教授沈钧淇先生和皮肤科学教授胡传揆先生。胡传揆教授任医学院院长同时，还任医学院附属医院（亦称北大医院）院长。从此，学校作为北京大学的一部分，开始了新的历程。
1952年，全国教育院系调整，北京大学医学院脱离北京大学，独立建院名为北京医学院，院长为胡传揆教授。直属中央卫生部领导，办学经费由中央财政部转中央卫生部拨付。北医校址迁至今日的海淀区学院路38号，由此，医学院开始了较大的发展。
1959年被国家确定为全国十六所重点院校之一。 1984经国务院批准，在全国重点建设10所大学，北京医学院是唯一的一所医科学校，院长为医学教育专家马旭研究员。
1985年更名为北京医科大学，运动医学专家曲绵域教授任校长。
进入九十年代中期，中国政府确立了教育发展改革纲要，明确提出“211工程”，即重点建设若干所大学，使之接近或达到或超过世界一流水平。1996年8月28日，北京医科大学正式通过了国家首批“211工程”建设项目的论证，再次成为中国政府重点支持的医科大学。从1991年至2000年4月，校长为血液病学专家王德炳教授。
2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病生理专家韩启德教授出任北京大学常务副校长并兼任医学部的主任。
经过九十多年的建设与发展，北医形成了“勤奋、严谨、求实、创新”的学风和“坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热忱献身的服务精神”的校风。
今日的北医，这所由中国政府创立的第一所医学院校，在国家的大力支持下，正大鹏展翅，实现她自己的最高目标：尽其所能，为了人类健康事业的发展，创造世界一流的医学教育事业。
今天的北医，集教学、科研、医疗为一身，以本科教育、研究生教育为主，有9个专业，41个博士学位授权点和46个硕士学位授权点，6个博士后流动站和8所附属医院、20个教学医院。各类在校学生10000多人，其中硕士1149人，博士835人，本科生3994人。拥有20个重点学科，1个国家重点实验室，10个部级重点实验室，1993－2004年的10多年间，承担了国家"八五"攻关、"九五"攻关、"863"项目、"973"项目等重点科研项目，共获得国家各类基金1000多项，资金数额16000多万元，取得国家级和省、部级科研成果30多项，科研论文数与被引用数在全国前20所大学榜上有名，在全国医学院校中连续十一年获国家自然科学基金第一名。
北医拥有近万名教职员工，10位两院（中国科学院、中国工程院）院士，10位长江特聘学者，博士生导师192人。
2000年4月3日，北京大学与北京医科大学合并后，北医本着"实事求是"与"发展是硬道理"的原则，采取以条块结合，逐步融合为方针的管理体制，利用合校后的学科综合优势，不断发展学科建设，推动医学教育改革与科学研究，努力改善基础设施条件。启动了医学、药学与预防医学学生长学制的培养模式，成立了生物医学跨学科研究中心，大力推进医学学科与理科、人文社会学科的交叉，成立了多个由基础与临床相结合的多学科联合研究中心；利用综合学科优势，从国家得到的科研基金增加了50%，......
新世纪的北医正在飞速发展，她将秉承"勤奋，严谨，求实，创新"的学风和"坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热忱服务的献身精神"的校风，必将以更坚实有力的步伐，在创建世界一流大学的进程中再创辉煌！
