北京市中医研究所建于一九五九年十月，是我国首批五所中医研究所之一。是北京市属唯一的公益性中医科研机构。北京市中医研究所是北京市科委属下的市级研究所，由北京市卫生局、北京市中医管理局主管，北京中医医院党委直接领导。本所为国务院硕士学位培养单位，现有针灸学、中医 内科学、中西医结合临床3个专业的硕士学位授予权。
我所现任所长为王莒生主任医师兼任（北京中医医院院长），副所长李萍。研究所现有病理生理室、生化实验室、药理实验室、药化实验室、动物室、研究所办公室。其中病理生理室为科研型三级实验室建设点；病理生理室、药理实验室为科研型二级实验室。实验动物室通过三级认证。
目前我所拥有工作人员18人。其中硕士研究生导师3人；博士以上学位2人；硕士学位3人；在职攻读硕士人员2人。目前已经培养硕士83人，联合培养博士3人。
自建所以来，我所获得全国科学大会奖1项、北京市科技进步一等奖2项、北京市科技进步二等奖4项、北京市科技进步三等奖27项，发表论文200余篇。
我所在长期的中医药研究中形成了临床、基础相结合的研究模式。(1)在脾虚证本质、幽门螺杆菌及胃癌前病变等方面有很广泛的学术影响。代表人物如危北海、赵荣莱、金敬善、赵子厚等。(2)在中医药对皮外科疾病、组织损伤修复研究是目前研究的主要方向。主要学术带头人员有王莒生、李萍等。(3)具有传统中医药制剂改革和新药研发的能力，尤其在外用药制剂的研究是我们的优势，学术带头人有何薇、曾祖平等。(4)中医药对心脑血管疾病及肿瘤的研究是具有基础和发展潜力的学术方向，代表性人物为丁瑞、刘卫红、周萍等。
研究所近三年承担国家自然基金2项、北京市自然基金5项、北京市科委项目3项、北京市中医管理局项目4项。
研究所具有细胞培养室：包括CO2孵箱、倒置显微镜、激光共聚焦显微镜、荧光倒置显微镜、酶标仪和荧光酶标仪等设备；分子生物学实验条件：电泳仪、PCR仪、紫外分光光度计、凝胶电泳成像系统；形态学实验室：包括脱水机、包埋机、石蜡切片机、冰冻切片机、图像分析系统等设备；药物分析条件：气相色谱仪、液相色谱仪、碳、薄层扫描仪、超速低温离心机等价值1000余万元仪器设备。
北京市中医科技开发公司是北京市中医研究所直属的开发公司，主要经营项目为：医疗仪器、保健用品，中成药加工技术开发，咨询服务及新产品销售等。
